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所謂“關系”史研究，理想的狀況是利用雙方的史料，在厘定“戰後”原點——交戰國應該首先進行清算戰爭責任、處置領土問題、締結和平條約的戰後處理外交——的前提下，實證解析中日關系偏離戰後處理外交主題而尋求“友好”或“政治經濟分離”之類實用主義目標的原因，建立由於戰後處理延遲化、曖昧化導致所謂“歷史遺留問題”進而引發1990年代以來“民族主義對抗”的歷史連續性邏輯。老壹代學者如矢吹晉，既有戰後處理外交的問題意識，在中國也有較多的學術交流關系和史料信息來源，所以其研究堅持戰後中日關系史的本來問題意識和過程實證路線，激烈批判服部龍二在《日中邦交正常化——田中角榮、大平正芳、官僚們的挑戰》裏得出的“中國事實上放棄了釣魚島”、存在“日中和解精神”的結論，認為：服部龍二僅依據日本外務省“篡改”過的外交記錄和退休外交官的壹面之詞而不了解或“無視”中方資料，這導致其結論錯誤，甚至“讓人懷疑研究者的道德”。?不過，服部龍二本人在書中有所說明，他為其研究預設了存在“日中和解精神”的前提，強調其研究歷史的目的在於分析“政治領導能力”和探索“應有的政治領導形態”。?可見，他本來就不是做中日“關系”史的研究，而是在日本對中國交涉過程中尋求日本主體性的政治學原理。並且，矢吹晉所說的他“無視”或不了解中國方面的資料，也決定了其研究並非“關系”史而是日本中心主義的政治史趣味。還應該註意到，正如石井明在《記錄與考證：日中邦交正常化、日中和平友好條約締結談判》的前言中已經指出的，中國方面的外交史資料短缺，與研究需要、學者期待差距很大。這種中國史料短缺而日本史料相對豐富的現實，難免導致日本學者趨於日本資料偏向和脫“關系”史而研究日本對中國交涉的政治史轉向。 “關系”史研究關註中日之間的“問題”，當然就在戰後處理即謝罪問題、賠償問題、領土問題、臺灣問題的生成與演變的方向上展開敘事。但日本對中國交涉的政治史就忽視這種“關系”性問題，而關註國際政治的權力所在和國內政治的動力學，其代表性著作如井上正也的《日中邦交正常化的政治史》。?因為戰後美國對日本有著至高無上的“占領”權力，所以日本不得不服從美國而選擇“在臺灣的中華民國”為議和對象，於是形成了日本國內的“中國問題”;但日本選擇與臺灣議和之後就掌握了壓迫蔣介石政權放棄賠償要求的權力，而在中美關系解凍之後日本政界的“親中國派”壯大，“中國問題”轉化為與大陸新中國交涉時有壓迫性的“臺灣問題”，所以中日邦交正常化交涉就成了“日華斷交”與放棄賠償的相互確認。於是可以看到，《日中邦交正常化的政治史》中幾乎不存在“戰爭責任問題”和“釣魚島問題”的討論，似乎中日關系只存在“臺灣問題”——事實上日本拿與臺灣斷交換了其他問題。不過，在他人主編的《日中關系史》執筆“邦交正常化”部分時，井上正也就當然地重視“關系”而討論“謝罪問題”“釣魚島問題”了，並參考矢吹晉的研究和中國學者的研究，強調兩國對“戰爭反省與賠償要求放棄”的邏輯關系並無共識、戰後處理流於曖昧形式、“歷史認識”沖突必然發生的“問題”連續性。?這證明，改變中日關系研究的日本中心主義偏向其實有待於中國的史料開放和學術繁榮，以使日本學者能夠充分利用中國檔案資料、參考中國學者的研究。
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進入21世紀，戰後處理的“歷史遺留問題”導致中日關系陷入危機。日本的出版人和學者利用“信息公開法”實施的機遇編輯刊布了中日邦交正常化、和平友好條約兩次談判的外交記錄，有學者從中發現相關內容被刪改，中日關系問題開始得到實證歷史學分析;之後，壹批青年學者組織大規模的外交口述史采訪，形成戰後中日關系史料和研究成果的出版繁榮期。這種學術出版努力推動可持續知識對話，在追究中日關系危機原理以期有益於歷史和解的方向上開辟了新的國際傳播空間。